Высшим руководящим органом ИКОМ является Генеральная Ассамблея, собирающаяся не реже одного раза в три года и состоящая из представителей всех Национальных и Международных комитетов, а также Региональных ассоциаций и Аффилированных организаций.

Генеральная Конференция ИКОМ проходит раз в три года, в то же время, когда собирается Генеральная Ассамблея и в том же месте. На Генеральной Конференции рассматривают и обсуждают практические и теоретические вопросы, связанные с музееведением и музеями, и, в частности, вопросы, касающиеся темы конференции, утвержденной предыдущей Генеральной Ассамблеей. Конференция получает и рассматривает также отчет о деятельности ИКОМ за предшествующий трехлетний период, а также его проект программы на последующие три года. Генеральная конференция может предложить резолюции, вытекающие из ее дискуссий.

Консультативный комитет ИКОМ является консультативным органом, который состоит из Президентов всех Национальных и Международных комитетов Региональных альянсов и Аффилированных организаций.

Исполнительный совет состоит из шестнадцати членов ИKOM, пятнадцать из которых избираются на три года членами с правом голоса. Председатель Консультативного комитета является членом Исполнительного совета по должности (ex officio). Членами Исполнительного совета являются Президент ИКОМ, два Вице-президента и казначей.

Президент ИКОМ созывает и ведёт заседания Генеральной Ассамблеи и Исполнительного совета. В период между сессиями Исполнительного совета он принимает все надлежащие меры и решения, которые ему кажутся необходимыми, в интересах ИКОМ. Генеральный директор ИКОМ назначается Исполнительным советом и работает по контракту.

Генеральный директор руководит всеми службами ИКОМ и несёт ответственность перед Исполнительным советом за компетентное и эффективное управление Организацией, а также за деятельностью Секретариата, Он осуществляет ежедневную деятельность под руководством Президента.

Выборы в Президиум ИКОМ, как и выборы Президента, проходят в рамках Генеральной конференции путем прямого тайного голосования. Основная функция — отслеживать выполнение основных положений Стратегического плана, исполнение решений Генеральной Ассамблеи и Консультативного комитета. В соответствии с Уставом ИКОМ Исполнительный совет возглавляет Президент ИКОМ. Заседания Исполнительного совета проходят 2-4 раза в год.

Выборы в Президиум ИКОМ, как и выборы Президента, проходят в рамках Генеральной конференции путем прямого тайного голосования. Основная функция — отслеживать выполнение основных положений Стратегического плана, исполнение решений Генеральной Ассамблеи и Консультативного комитета. В соответствии с Уставом ИКОМ Исполнительный совет возглавляет Президент ИКОМ. Заседания Исполнительного совета проходят 2-4 раза в год.

Президент: Антонио Родригез (Antonio Rodreguez), ICOM USA
Вице-президент: Назир Аль Дармаки (Nasir Al Darmaki), ICOM UAE
Вице-президент: Тайибэ Голназ Гольсабахи (Tayeebeh Golnaz Golsabahi), ICOM Iran
Казначей: Горанка Хоржан (Goranka Horjan; Croatia)

Члены исполнительного совета:
Марилья Бонас (Marilia Bonas),  ICOM Brazil
Кэтрин Коул (Catherine C. Cole),  ICOM Canada
Эк-Черки Дахмали (Ech-Cherki Dahmali), ICOM Morocco
Юджи Курихара (Yuji Kurihara), ICOM Japan
Хоана Соуза Монтейро (Joana Sousa Monteiro), ICOM Portugal
Стеф Схолтен (Steph Scholten),  ICOM United Kingdom
Кая Широк (Kaja Sirok), ICOM Slovenia
Ходи Штайгер (Jody Steiger), ICOM Costa Rica
Мутони Танг’ва (Muthoni Thang’wa), ICOM Kenya
Дебора Тоут-Смит (Deborah Tout-Smith), ICOM Australia
Фенг Чжао  (Feng Zhao), ICOM China

По должности – Председатель Консультативного совета: Ивонн Плам (Yvonne Ploum), ICOM Netherlands 

Консультативный совет (Advisory Council) состоит из Президентов национальных и международных профильных комитетов, а также Председателей аффилированных организаций и региональных альянсов. Заседания проходят раз в год в рамках Генеральной Ассамблеи в первых числах июня в Париже.

Основная задача комитета — консультирование Исполнительного совета и руководства ИКОМ по вопросам формирования политики, программ, процедурным вопросам и финансам. Комитет может предлагать правки в Устав ИКОМ.

Президент и Вице-президенты Консультативного комитета — выборные должности и выбираются путем прямого голосования членами комитета.

Председатель: Ивонн Плам (Yvonne Ploum; Netherlands)
Вице-председатель: Евника Баэс Санчес (Eunice Bàez Sànchez; Costa Rica)

Ивонн Плам и Евника Баэс Санчес были избраны на 99-й сессии Консультативного совета, которая прошла в рамках 27-й Генеральной конференции Международного совета музеев в Дубае.

Генеральная ассамблея также играет важнейшую роль в стратегическом планировании Международного совета музеев. На 37-й Генеральной ассамблее в Праге в 2022 году члены ИКОМ проголосовали за принятие Стратегического плана ИКОМ 2022–2028, в котором изложены приоритеты и инициативы организации на ближайшие годы. План включает в себя совершенствование музейной деятельности во всем мире, защиту культурного наследия и развитие международного сотрудничества. 

Генеральная Ассамблея является высшим органом по формированию политики ИКОМ. В круг ее функций входит:

• принятие и, при необходимости, внесение поправок в Устав;
• принятие программы ИКОМ на последующие три года;
• принятие бюджета на следующий трехлетний период; принятие и одобрение отчета об исполнении программы ИКОМ в течение трех предыдущих лет;
• принятие и одобрение финансового отчета о предыдущем трехлетнем периоде;
• изучение вопросов, передаваемых на ее рассмотрение Консультативным комитетом, Исполнительным советом и Генеральной конференцией, и принятие по ним решений;
• принятие необходимых по ее мнению резолюций по вопросам, касающимся музеев, музейного дела и других областей интересов ИКОМ;
• составление необходимых по ее мнению директив по вопросам деятельности ИКОМ, направляемых Исполнительному совету;
• назначение даты и места проведения очередной Генеральной Ассамблеи и определение темы очередной Генеральной конференции; в случае необходимости, утверждение и внесение изменений в свой собственный регламент и регламент Генеральной конференции.

Решения Генеральной Ассамблеи являются неоспоримыми и не могут быть обжалованы.

Генеральная Ассамблея (и Генеральная конференция) собирается на обычное заседание раз в три года. Дата, место ее проведения и тема определяются предыдущей Генеральной Ассамблеей по рекомендации Консультативного комитета и Исполнительного совета. Назначая место проведения следующей Генеральной Ассамблеи и Генеральной конференции, Ассамблея изучает преимущества, предоставляемые различными регионами, и связанные с ее проведением расходы.

В Генеральной Ассамблее могут принимать участие любые действующие члены ИКОМ.

На сессиях Генеральной Ассамблеи и на выборах Исполнительного совета право участвовать в голосовании осуществляется следующим образом:

• каждый национальный комитет имеет право назначить пять лиц из числа индивидуальных членов или назначенных представителей коллективных членов ИКОМ данного комитета, включая любого члена Консультативного комитета или Исполнительного совета страны, где находится национальный комитет, для голосования от его имени по всем вопросам, переданным на рассмотрение Генеральной Ассамблее для принятия решения;
• каждый международный комитет имеет право назначить пять лиц из своих членов с правом голоса, являющихся индивидуальными или назначенными представителями коллективных членов ИКОМ, для голосования от его имени по всем вопросам, переданным на рассмотрение Генеральной Ассамблее для принятия решения;
• каждая присоединенная организация, более половины членов которой являются членами ИКОМ, имеет право назначить трех из своих членов, являющихся индивидуальными или назначенными представителями коллективных членов ИКОМ, для голосования от ее имени по всем вопросам, переданным Генеральной Ассамблее для принятия решения.